表3.文化財保護法で指定されている天然保護区域 
(2020年10月現在::青字は文化庁によって公表されている情報であることを示す
種別 件名 所在地 指定年
特別天然記念物 大雪山 北海道上川郡上川町・東川町・美瑛町・新得町 1971 (1977特天)
特別天然記念物 黒部峡谷附猿飛ならびに奥鐘山 富山県中新川郡立山町・黒部市宇奈月町 1956 (1964特天)
特別天然記念物 上高地 長野県松本市安曇 1928 (1952特天)
特別天然記念物 尾瀬 福島県南会津郡檜枝岐村・群馬県利根郡片品村・新潟県魚沼市 1956 (1960特天)
天然記念物 釧路湿原 北海道釧路郡釧路町上川郡標茶町・阿寒郡鶴居村 1967
天然記念物 沙流川源流原始林 北海道沙流郡日高町千栄 1970
天然記念物 松前小島 北海道松前郡松前町 1972
天然記念物 標津湿原 北海道標津郡標津町 1979
天然記念物 十和田湖及び奥入瀬渓流 青森県十和田市・秋田県鹿角郡小坂町 1928
天然記念物 月山 山形県鶴岡市羽黒町東田川郡庄内町 1972
天然記念物 上野楢原のシオジ林 群馬県多野郡上野村 1969
天然記念物 鳥島 東京都鳥島 1965
天然記念物 南硫黄島 東京都小笠原村 1972
天然記念物 黒岩山 長野県飯山市寿 1971
天然記念物 大杉谷 三重県多気郡大台町大杉 1972
天然記念物 阿値賀島 長崎県平戸市早福町 1976
天然記念物 男女群島 長崎県福江市浜町 1969
天然記念物 双石山 宮崎県宮崎市鏡州 1969
天然記念物 稲尾岳 鹿児島県肝属群南大隅町・錦江町・肝付町 1967
天然記念物 神屋・湯湾岳 鹿児島県奄美市住用町・大島郡宇検村・大和村 1968
天然記念物 星立 沖縄県八重山郡竹富町西表 1972
天然記念物 仲間川 沖縄県竹富町大原・大富 1972
天然記念物 与那覇岳 沖縄県国頭郡国頭村 1972
加藤陸奥雄他監修 1995 日本の天然記念物.講談社,1104pp. を参考に加筆